在生物学系统中，次氯酸可被视为白细胞例如中性粒细胞和单核细胞产生的毒性最强、丰度最高的氧化剂。次氯酸作为一种极强的氧化剂，可迅速攻击多种生理学相关的分子，包括硫醇、硫醚、胺类、氨基酸、核苷酸、抗坏血酸和多烯酸 。同时，次氯酸可生成反应性非常高的其他氧化剂，例如与H2O2和超氧阴离子反应可分别生成单线态氧和羟基自由基 。 
次氯酸作为消毒剂，被广泛用于物体表面、织物等污染物品以及水、果蔬和食饮具等的消毒。除上述用途外，次氯酸还可用于室内空气、二次供水设备设施表面、手、皮肤和黏膜的消毒。

次氯酸消毒液：近人体酸碱度PH值，温和无刺激，无色无味，可直接接触皮肤，老幼、孕妇、敏感肌皆适宜。在2019年4月开始实施的中华人民共和国国家最新标准（GB/T36758-2018）中，唯一明确次氯酸可以进行空气消毒，直接接触人体手、皮肤、黏膜。